EL MONASTERIO 

El conjunto monumental fue construido bajo la dirección de Juan Gómez de Mora, sobre una parcela de casi 8.000 metros cuadrados que limita al norte con la antigua Puerta de Burgos y el recinto amurallado hasta el Arco de San Bernardo. Al oeste limita con el Palacio Arzobispal y al este con la calle de San Bernardo y el antiguo Convento Dominico de Teólogos de la Madre de Dios, actual Museo Arqueológico Regional. Al sur se abre una gran plaza, que ocupa el espacio de un antiguo barrio —la Almanxara— habitado por moriscos. La fachada del templo, de ladrillo con adorno de piedra caliza y berroqueña, parece anunciar con sus tres puertas —la central más grande— una iglesia de tres naves. Sobre el frontón puede verse una estatua de San Bernardo atribuida al escultor portugués Manuel Pereira, autor también de las tallas de la iglesia de la Compañía de Jesús, en la calle Libreros de Alcalá de Henares. Balcones, óculos y escudos del fundador completan la decoración. 

El incendio del contiguo Palacio Arzobispal en 1939 afectó al conjunto monástico, haciendo necesarios diversos proyectos de restauración, entre los que cabe destacar la recuperación de la cúpula bajo las directrices del arquitecto José Manuel González Valcárcel. La linterna que corona la cúpula fue restaurada en el año 1980 por Manuel Barbero Rebolledo. El monasterio poseía, además de la iglesia, la zona de celdas, un claustro mayor y uno menor, el coro alto y el coro bajo, una sala capitular, dos sacristías, cocina, despensa, bodega, portería, locutorios y una pequeña hospedería.

El Monasterio fue declarado monumento arquitectónico-artístico en 1924. Es un Bien de Interés Cultural.